Solutions d’automatisation de la préparation des échantillons NGS

Optimisez la qualité des banques et les ressources de votre laboratoire grâce à la préparation automatisée des échantillons.


Un technicien de laboratoire portant des lunettes de sécurité inspecte les réactifs et les consommables dans un système automatisé de traitement des liquides

Solutions d’automatisation de la préparation des banques NGS pour tous les types de laboratoires

Solution

Des banques NGS de qualité constante grâce à des flux de travail automatisés et modulables pour la préparation des échantillons NGS

La préparation des échantillons NGS, ou préparation de la banque, comprend une série complexe d’étapes. À grande échelle, la préparation manuelle de la banque présente plusieurs défis, notamment une variabilité inter-opérateur, des variations d’un lot à l’autre et des troubles musculosquelettiques liés aux gestes répétitifs. L’automatisation de la préparation des banques NGS sur les dispositifs de traitement des liquides automatisés permet d'obtenir :

  • Un meilleur contrôle des processus
  • Des délais d’exécution plus rapides
  • Une qualité de banque plus constante
  • Une diminution de la fatigue des techniciens
  • Une optimisation accrue des ressources du laboratoire

Roche propose une large gamme de solutions automatisées de préparation des échantillons, dont le système AVENIO Edge, ainsi qu’une assistance à l’automatisation pour les dispositifs de traitement de liquides hors Roche.

Le système AVENIO Edge est une plateforme pré-analytique tout-en-un, pré-programmée et optimisée pour la préparation automatisée des échantillons NGS avec nos préparations KAPA, leaders du marché. Conçu pour limiter les étapes manuelles, il comprend des réactifs prêts à l’emploi, des protocoles validés, des outils de CQ intégrés et un logiciel ergonomique permettant de gérer vos flux de travail de préparation des échantillons NGS avec une efficacité inégalée.

Pour les laboratoires déjà équipés de dispositifs de traitement des liquides, Roche propose également un large éventail de flux de travail automatisés standardisés pour nos préparations d’échantillons KAPA NGS compatibles avec les systèmes hors Roche. Ces solutions ont été développées dans le cadre de partenariats avec des fournisseurs majeurs de solutions d’automatisation et des clients.

Valeur

Automatisation de la préparation des échantillons NGS en toute sérénité, avec fonctionnement autonome

Le système AVENIO Edge simplifie la complexité des flux de travail NGS en offrant une expérience de préparation des échantillons NGS de bout en bout. Il intègre des modules dédiés à la préparation des banques, à l’enrichissement des cibles, à la quantification, à la normalisation et au regroupement. 

Ce système fortement différenciant vous permet d’optimiser les ressources de votre laboratoire et vos opérations NGS grâce à :

  • Des protocoles automatisés préconfigurés et optimisés pour les préparations KAPA
  • Des cartouches de réactifs préchargées prêtes à l’emploi
  • Un logiciel intuitif

Toutes ces caractéristiques font du système AVENIO Edge une solution clé en main, facile à déployer, qui ne requiert ni expertise préalable en préparation d’échantillons NGS ni expérience en automatisation pour générer des banques NGS de qualité constante, avec un minimum d’interventions manuelles. 

Pour les laboratoires déjà équipés de dispositifs de traitement des liquides, Roche élimine la nécessité pour les laboratoires de développer de nouvelles méthodes en interne en fournissant des scripts et des flux de travail conçus par Roche et vérifiés et standardisés sur de nombreux systèmes hors Roche.

Vision

Révélez la valeur de chaque échantillon précieux

Une préparation fiable des banques NGS est indispensable pour obtenir des résultats de séquençage fiables. Cette exigence est d’autant plus forte lorsque les échantillons sont uniques, de faible volume ou de qualité compromise et donc particulièrement sensibles à la dégradation. 

Le système AVENIO Edge constitue la dernière avancée de notre portefeuille de plateformes pré-analytiques entièrement automatisées, étendant les normes de qualité et de fiabilité de Roche aux projets de recherche s’appuyant sur les analyses NGS, qu’il s’agisse de recherche préclinique ou clinique.

Produits vedettes

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Avantages des solutions d’automatisation de préparation des échantillons NGS de Roche

Cohérence

Obtenir des banques NGS d'une qualité fiable et constante

L’automatisation de la préparation de banques NGS sur le système AVENIO Edge ou sur d’autres dispositifs de traitement de liquides contribue à réduire les coûts cachés associés au travail manuel, aux délais de traitement plus longs et aux erreurs humaines, tout en améliorant l’efficacité globale du laboratoire. En particulier, l’automatisation de la préparation de banques avec le système AVENIO Edge offre :

  • Des cartouches de réactifs préremplies, prêtes à l’emploi et dotées de code-barres, ce qui élimine la préparation manuelle du mélange matriciel Master Mix et l’aliquotage des réactifs
  • Une réduction significative des manipulations d’échantillons et des interventions manuelles, en particulier pour les protocoles complexes qui impliquent de multiples étapes à base de billes magnétiques, le pipetage et le mélange de faibles volumes ou de liquides visqueux, ainsi qu’un contrôle rigoureux des paramètres de température et de temporisation
  • Quantification automatisée embarquée, avec normalisation et regroupement intégrés
Efficacité

Améliorer la productivité globale et l’efficacité opérationnelle du laboratoire

L’automatisation de la préparation des échantillons NGS réduit les coûts cachés associés au travail manuel, aux délais d’exécution et aux erreurs,, et contribue à une plus grande efficacité globale du laboratoire. La préparation automatisée à l’aide du système AVENIO Edge ou, dans une moindre mesure, via l’exécution des flux de travail KAPA développés par Roche sur des dispositfs de traitement des liquides tiers permet de :

  • Réduire le risque de contamination des échantillons, d’inversions ou d’erreurs expérimentales susceptibles de compromettre les résultats ou d’entraîner la perte d’échantillons précieux.
  • Diminuer le délai global entre l’échantillon initial et l’obtention d’une banque prête pour le séquençage, en particulier pour les lots de grande taille. Charger les séquenceurs plus tôt, réduisant ainsi le délai d’obtention des résultats, notamment dans les laboratoires ne fonctionnant pas en continu 24 h/24.
  • Préparer des banques issues de différents types d’échantillons et destinées à diverses applications en utilisant la même plateforme matérielle, logicielle, ainsi que les mêmes réactifs et consommables.
  • Libérer du temps pour les techniciens afin qu’ils se consacrent à des tâches à plus forte valeur ajoutée et moins répétitives.
Flexibilité

Bénéficiez de la flexibilité dont vous avez besoin

Le système AVENIO Edge offre une préparation d’échantillons NGS entièrement validée et autonome, tout en intégrant la flexibilité nécessaire pour s’adapter aux contraintes et choix opérationnels des laboratoires. Cela inclut :

  • Des paramètres ajustables par l’utilisateur (par exemple températures et durées d’incubation, nombre de cycles PCR, ratios de purification sur billes) au sein des flux de travail préprogrammés KAPA
  • L’utilisation de trousses KAPA User-Filled Kits (KUFK), permettant d’aliquoter des adaptateurs, des amorces de barcodage ou d’autres réactifs issus de trousses KAPA standards dans les consommables AVENIO Edge avant le lancement du protocole
  • La personnalisation et l’optimisation des protocoles de préparation de banques et d’enrichissement via le logiciel AVENIO Designer, à partir de modèles validés par Roche, avec déploiement contrôlé vers différents sites

Des flux de travail développés par Roche pour des systèmes de traitement des liquides tiers, permettant d’automatiser les préparations KAPA sur des équipements déjà en place, sans investissement en développement de scripts. Ces méthodes pour systèmes tiers sont élaborées et validées en partenariat avec des fournisseurs d’automatisation et/ou des laboratoires utilisateurs.

Aperçu comparatif des systèmes et flux de travail d’automatisation de la préparation des échantillons

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Aperçu comparatif des systèmes et flux de travail d’automatisation de la préparation des échantillons

  Système AVENIO Edge Flux de travail automatisés KAPA conçus par Roche pour les dispositifs de traitement des liquides tiers

Système


  • Système entièrement intégré pour la préparation de banques, l’enrichissement des cibles, la quantification et la normalisation/regroupement avec thermocycleur intégré
  • Un système unique prenant en charge la préparation d’échantillons pour différentes applications NGS (par exemple : séquençage de l’exome, SGE sans PCR, séquençage de l’ARN)
  • Matériel, logiciels, réactifs et consommables de Roche
  • Dispositif médical de diagnostic in vitro (DIV) de classe 1 aux États-Unis et de classe A dans l’Union européenne selon le RDIV
  • Matériel, logiciel et consommables non fournis ou validés par Roche
  • Nécessite en règle générale plusieurs instruments et solutions logicielles pour couvrir les différentes étapes du processus, depuis l’échantillon jusqu’à la banque, ou pour la préparation d’échantillons selon les applications.

Flux de travail


  • Flux de travail KAPA préprogrammés et de bout en bout pour différentes applications 
  • Protocoles modulaires avec paramètres réglables par l’utilisateur
  • Un certain niveau d’optimisation des flux de travail est possible grâce au logiciel AVENIO Design et aux modèles de protocole de Roche
  • En règle générale, un script distinct est utilisé pour chaque processus (par exemple : préparation des banques, enrichissement des cibles, quantification, regroupement)
  • Le degré d’ajustement des paramètres dépend du dispositif de traitement des liquides et du partenaire de développement
  • Des protocoles hors KAPA peuvent être exécutés sur le même instrument (non pris en charge par Roche)

Intervention de l’utilisateur


  • Minimale, limitée à la sélection du protocole, au chargement des cartouches de réactifs et à la collecte des banques prêtes pour le séquençage
  • Pour les KUFK, une préparation et un aliquotage partiels des réactifs sont requis 
  • Vérification automatisée du chargement correct des échantillons, réactifs et consommables
  •  Fonctionnement autonome sans surveillance continue
  • Dépend du dispositif de traitement des liquides et du partenaire de développement, mais généralement pas de véritable autonomie
  • Préparation manuelle des réactifs (mélange et aliquotage)
  • Validation manuelle fréquente du chargement des consommables sur la plateforme
  • Reconfiguration généralement nécessaire entre différentes étapes du flux de travail de bout en bout (elles peuvent ne pas être toutes intégrées sur un même instrument)
  • Supervision active des techniciens requise pour maintenir des délais optimisés tout au long du flux de travail

Mise en œuvre et fonctionnement

  • Aucun investissement supplémentaire en matériel ou en logiciel requis
  • Aucun développement ni optimisation de scripts nécessaires
  • Ne requiert pas d’expérience préalable en préparation d’échantillons NGS pour son utilisation
  • Les dispositifs de traitement des liquides déjà configurés pour un flux de travail pris en charge peuvent être utilisés
  • Les scripts sont co-développés et vérifiés par Roche, mais une optimisation interne peut être nécessaire ou souhaitée selon le contexte
  • Requiert généralement au minimum une expérience de base en préparation d’échantillons NGS afin de superviser le processus, intervenir si nécessaire ou corriger d’éventuelles erreurs

Vous envisagez d’automatiser la préparation des banques sur votre dispositif de traitement des liquides existant ?

L’équipe d’assistance en automatisation NGS de Roche, en collaboration avec des fournisseurs de dispositifs de traitement des liquides hors Roche, élabore des portefeuilles de méthodes automatisées dédiées aux réactifs de préparation de banques KAPA. Consultez notre catalogue dédié aux dispositifs de traitement des liquides hors Roche pour démarrer rapidement l’automatisation de vos protocoles de préparation de banques NGS.

Les produits KAPA sont réservés exclusivement à la recherche et non aux procédures diagnostiques.

Le système AVENIO Edge est un dispositif médical de diagnostic in vitro (DIV) de classe 1 aux États-Unis et de classe A dans l’Union européenne (selon le RDIV). Il est destiné à des applications diagnostiques en aval. Dans l’Union européenne, Roche s’associe à Platomics pour offrir aux laboratoires la possibilité d’automatiser la génération de documents sur la plateforme multipartite Platomics pour les flux de travail intégrant le système AVENIO Edge. Les réactifs et les kits mentionnés sont destinés exclusivement à la recherche. Ils ne sont pas destinés aux procédures de diagnostic. Le système AVENIO Edge peut être utilisé pour des flux de trvail destinés exclusivement à la recherche (RUO, Research Use Only).