Solutions d’enrichissement des cibles NGS

Enrichissement efficace des cibles NGS avec les flux de travail KAPA HyperCap et KAPA HyperPETE de Roche, des solutions flexibles pour des panels ciblés ou larges et des conceptions personnalisées.

Un technicien prélève des échantillons à l’aide d’une pipette dans une plaque à 96 puits tout en appliquant des méthodes d’enrichissement des cibles NGS

Stratégies efficaces d’enrichissement des cibles pour le séquençage de nouvelle génération (NGS)

Solution

Solutions complètes d’enrichissement des cibles NGS

Notre gamme de produits comprend deux technologies distinctes d’enrichissement des cibles NGS pour répondre à différents besoins de recherche :

Le flux de travail KAPA HyperCap est une méthode hybride basée sur la capture, idéale pour les panels plus importants et la détection complète des variants.

Le flux de travail KAPA HyperPETE utilise l’enrichissement par extension d’amorces (PETE) et est spécialement conçu pour les panels plus petits et ciblés et les entrées à très faible rendement comme l’ADNlc. Le flux de travail KAPA HyperPETE offre les performances élevées de l’enrichissement par capture hybride, notamment une uniformité et des taux de ciblage supérieurs, tout en conservant la simplicité et la rapidité d’un flux de travail de type amplicon.

Ces solutions complètes font partie d’un flux de travail intégré avec des sondes ou des amorces de haute qualité et des trousses de préparation de banque KAPA rationalisées. Notre gamme de produits offre la solution adaptée à votre projet de séquençage ciblé :

  • Sondes d’exome : optimisez l’efficacité du séquençage grâce à des solutions pour l’exome entier adaptées à une couverture étendue et pertinente des bases de données.

  • Panels de catalogue : accélérez votre travail grâce à des panels de gènes fixes disponibles en stock

  • Panels Design Share : gagnez en confiance grâce à des panels conçus par des experts en collaboration avec des chercheurs de premier plan

  • Sondes personnalisées : créez votre solution sur mesure avec des sondes pour des régions personnalisées de tout génome humain ou non humain

Valeur

Se concentrer sur l’essentiel : la puissance de l’enrichissement des cibles NGS

L’enrichissement des cibles NGS concentre les ressources de séquençage sur des régions génomiques spécifiques à l’aide de méthodes telles que la capture hybride ou des approches basées sur les amplicons. En éliminant les régions non pertinentes pour une étude particulière, cette technique offre des avantages considérables par rapport au séquençage du génome entier, car elle réduit considérablement les coûts et la charge informatique liée à l’analyse1.

Cette approche ciblée permet une profondeur de séquençage bien plus importante des régions sélectionnées, ce qui augmente la puissance statistique et évite les interprétations erronées des données, en particulier dans les échantillons dont le rendement est limité. La sensibilité obtenue est inestimable pour détecter les mutations somatiques à basse fréquence dans des échantillons hétérogènes, identifier les variants pertinents et permettre des études d’expression génique rentables dans le cadre d’applications de recherche en oncologie. Sa puissance et sa flexibilité ont fait de l’enrichissement des cibles NGS une pierre angulaire de la recherche génomique moderne et de la médecine translationnelle.

Vision

Approfondir les connaissances et faire progresser la recherche en santé humaine

Chez Roche, nous fournissons aux chercheurs des solutions complètes et innovantes d’enrichissement des cibles NGS, allant des panels de catalogues étendus aux conceptions entièrement personnalisées. Nous vous aidons à surmonter les défis les plus complexes en matière de séquençage, en fournissant des résultats précis et sensibles à partir d’échantillons à faible rendement et de cibles génomiques difficiles à capturer. Notre objectif est d’accélérer votre réussite, en vous permettant de mieux comprendre les mécanismes sous-jacents, d’améliorer vos capacités en matière de recherche clinique et d’ouvrir la voie à de nouvelles applications.

Enrichir les régions cibles d’intérêt pour un séquençage de nouvelle génération réussi.

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Séquençage en toute confiance grâce à nos panels NGS conçus par des experts.

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Concentrez-vous sur vos régions d’intérêt grâce à la conception simple de panels NGS personnalisés.

 

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Avantages des solutions d’enrichissement des cibles NGS de Roche

Expertise en conception

Une expertise reconnue en matière de conception

Tirez parti de plusieurs décennies d’expertise en conception de sondes pour obtenir les informations ciblées dont vous avez besoin. Nos solutions polyvalentes d’enrichissement des cibles NGS permettent gagner un temps précieux et d’économiser des ressources de séquençage, que vous analysiez l’exome entier, des régions spécifiques ou un sous-ensemble du transcriptome.

  • Obtenez plus rapidement des informations exploitables et des conclusions fiables grâce aux sondes KAPA HyperExome V2

  • Économisez un temps et des ressources précieux grâce aux panels Design Share, qui fournissent du contenu pré-conçu par des experts pour des applications de recherche clés

  • Concevez de nouveaux panels en toute confiance. Notre outil HyperDesign fournit un algorithme simple et éprouvé ainsi que l’assistance d’experts pour vous garantir d’obtenir les résultats souhaités

Large couverture

Large couverture des principales bases de données génomiques

Les solutions d’enrichissement des cibles NGS de Roche offrent une couverture exceptionnellement compétitive et supérieure dans les principales bases de données génomiques. Nos solutions soigneusement conçues garantissent une interrogation rigoureuse des régions génomiques critiques, minimisant les pertes et maximisant la profondeur des données de séquençage. Cette couverture complète se traduit directement par une confiance accrue dans les résultats de l’appel des variants, ce qui permet une analyse en aval plus fiable et accélère les avancées de la recherche. Atouts :

  • Les sondes KAPA HyperExome V2 offrent une couverture supérieure des versions récentes des principales bases de données génomiques

Flux de travail intégrés

Solutions de flux de travail intégrées pour les deux technologies d’enrichissement des cibles

Roche propose des solutions d’enrichissement des cibles NGS basées sur l’hybridation et l’extension d’amorces qui s’intègrent dans un flux de travail entièrement intégré et validé. Nos solutions intègrent des sondes ou des amorces de haute qualité, conçues par des experts, ainsi que les trousses de préparation de banques KAPA simplifiées, garantissant que tous les composants fonctionnent ensemble de manière optimale afin de maximiser les performances et de minimiser la variabilité technique.

Cette approche globale permet de concentrer les ressources de séquençage sur des applications de reséquençage ciblées, offrant ainsi l’uniformité et la sensibilité élevées indispensables à la recherche dans le domaine des maladies génétiques humaines et de l’oncologie. Flux de travail :

  • Flux de travail KAPA HyperCap

  • Flux de travail KAPA HyperPETE

Considérations et comparaisons relatives aux flux de travail basés sur KAPA HyperCap, KAPA HyperPETE et les amplicons

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Considérations et comparaisons relatives aux flux de travail basés sur KAPA HyperCap, KAPA HyperPETE et les amplicons

 

Flux de travail KAPA HyperCap

Flux de travail KAPA HyperPETE

Flux de travail basé sur les amplicons

Facilité d’utilisation

  • Facile à utiliser et à automatiser

  • Flux de travail rationalisé et optimisé avec un temps de manipulation réduit

  • Facile à utiliser et à automatiser

  • Obtenez vos réponses plus rapidement, sans compromettre les performances

  • Flux de travail simplifiée d’une journée avec des incubations courtes et un temps de manipulation réduit

  • Facile à utiliser et à automatiser

  • Flux de travail le plus rapide

Performance

  • Efficacité élevée du séquençage

  • Détecte toutes les classes de mutations majeures

  • Efficacité maximale du séquençage pour les petits panels

  • Détecte toutes les classes de mutations majeures

  • Uniformité réduite

  • Performances réduites en matière de détection des CNV

  • Impossibilité de détecter des partenaires de fusion inconnus

  • Bonnes performances sur les SNV/indels et fusions connues

Technologie

Capture basée sur l’hybridation

Enrichissement des cibles basé sur l’extension d’amorce

Amplification par PCR

Temps de traitement

1,5 jour

Une seule journée

Une seule équipe

Taille du panel

Jusqu’à l’exome entier et au-delà

Jusqu’à 250 Kb

Jusqu’à quelques mégabases

Applications

  • Recherche en génétique héréditaire

  • Recherche en oncologie héréditaire et somatique

  • Recherche en oncologie somatique

  • Fusions d’ARN (connues + nouveaux partenaires de fusion)

  • Recherche en oncologie somatique
  • Fusions d’ARN génétiques héréditaires (connues uniquement)

Aide à l’analyse secondaire

  • Analyse secondaire des variants germinaux et somatiques à l’aide d’outils bioinformatiques open source

  • Analyse secondaire des variants germinaux et somatiques à l’aide d’outils bioinformatiques open source

 

Offres de différents fournisseurs

Les produits KAPA sont réservés à la recherche. Ne pas utiliser pour les procédures diagnostiques.

Références

  1. Kozarewa et al. Overview of target enrichment strategies. Curr Protoc Mol Biol. 2015; 112:7.21.1-7.21.23.