DNA-sekvensering kan användas för att identifiera kliniskt relevanta biomarkörer hos patienter med cancer. Möt Johan Lindberg från Karolinska Institutet som är en av flera forskare involverade i studien ProBio.
Syftet med ProBiostudien är att förstå om det genom ett vanligt blodprov går att ge en bättre behandling till patienter med spridd prostatacancer än vad som görs idag. Från blodprovet, en så kallad liquid biopsy, anrikas cirkulerande DNA från tumören (ctDNA) och genetiska biomarkörer identifieras genom sekvensering. Baserat på förändringarna i tumörens genom slumpas patienterna till en av fem behandlingsalternativ (1).
- Min forskargrupps uppgift är att med hjälp av DNA-sekvensering identifiera kliniskt relevanta biomarkörer hos patienter med cancer. Sen försöker vi också förbättra diagnostiken genom att skapa känsligare analyser så att vi på ett bättre sätt kan hitta biomarkörer, berättar Johan Lindberg.
ProBiostudien innefattar hantering av provmaterial från fyra länder och fler än 27 kliniker, vilket utmanat forskarna på laboratoriet att hantera stora provflöden och de samarbetar med KI Biobank på Karolinska Institutet för pre-analyshanteringen av proverna. Vidare har de gjort investeringar inom IT och automation samt utarbetat nya processer för hantering av prover. En av utmaningarna är att kunna skicka materialet på ett sådant sätt att det går att använda när det kommer fram. Blodproverna måste förvaras i rumstemperatur för att kunna användas, vilket ställer stora krav på transporter med jämn och spårbar temperatur.
- Målet med studien är att se till att det vi lär oss omvandlas till klinisk rutin för att komma alla patienter till nytta, berättar Johan Lindberg.
