KAPA HyperCap Katalog-Panels und Kits

KAPA HyperCap Oncology Panel

• Ermöglicht das Sequencing von FFPET-DNA-Proben geringer Menge und Qualität und erzielt dabei einen hohen Anteil fehlerfreier Positionen im Zielbereich (> 94 %).
• Erzielt eine gleichmässige und tiefe Sequencing-Abdeckung mit > 92 % der Basen innerhalb des 0,5× – 2×-Bereichs des Medians und > 88 % der Exon-Basen mit einer Abdeckung von > 300×.

KAPA HyperCap Heredity Panel

• Erreicht eine ausgewogene Kombination aus hoher Spezifität (80,9 % On-Target-Reads), hoher Uniformität (Fold-80-Base-Penalty: 1,42) und geringer PCR-Duplikation (2,2 %).
• Maximiert die Sequencing-Effizienz mit 98,5 % der Zielbasen bei 30× Abdeckung und einer mittleren Abdeckung von 92,6×.

Abbildung 1: Wichtige Sequencing-Kennzahlen mit dem KAPA HyperCap Oncology Panel

Zwei praxisnahe FFPET-DNA-Proben geringer Qualität wurden mit der Horizon™ HD789 FFPE-DNA-Kontrollprobe verglichen. Proben-Libraries (in Duplikaten) wurden gemäss dem KAPA HyperCap FFPET DNA Workflow aus 10 ng FFPE-DNA unter Verwendung des KAPA HyperPlus Kits erstellt. Nach Single-Library-Hybridisierung und Capture wurden die finalen Libraries auf einem NextSeq™ 550 System sequenziert und vor der Analyse auf 10 Mio. HQ-gefilterte Cluster (2 × 150 bp) reduziert.

Abbildung 2: Wichtige Sequencing-Kennzahlen des KAPA HyperCap cfDNA Workflows

Fünf cfDNA-Proben gesunder Spender wurden in Duplikaten getestet (Durchschnitt dargestellt), parallel zu SeraSeq® ctDNA Complete™ Reference Material AF0.5% (Duplikate), ausgehend von 10 ng Input.
Der KAPA HyperCap cfDNA Workflow wurde unter Verwendung des KAPA HyperPrep Kits mit Einzelproben-Library-Hybridisierung und -Capture durchgeführt. Die finalen Libraries wurden auf einem NovaSeq™ 6000 System sequenziert. Pro Probe wurden 50 Mio. hochwertige, gefilterte Cluster (2 × 150 bp) analysiert.

Abbildung 3: Wichtige Sequencing-Kennzahlen mit dem KAPA HyperCap Heredity Panel

Achtfaches Pre-Capture-Multiplexing mit dem standardmässigen KAPA HyperCap Workflow v3 einschliesslich des KAPA HyperPlus Kits aus 100 ng genomischer DNA (gDNA) (16 Coriell-Zelllinien in Duplikaten). Die finalen Libraries wurden auf einem NovaSeq™ 6000 System sequenziert und vor der Analyse auf 10 Mio. HQ-gefilterte Cluster (2 × 100 bp) reduziert.

Abbildung 4: Das KAPA HyperCap DS NHL Panel erfüllte die definierten Leistungskriterien für das Sequencing und zeigte eine hohe Sequencing-Effizienz, belegt durch die Unique-Sequencing-Tiefe pro Probe.

In dieser Studie wurden kommerzielle Referenzmaterialien verwendet, um synthetische („künstlich zusammengesetzte“) Proben zu erzeugen, die Non-Hodgkin-Lymphom (NHL)-Proben mit bekannten Varianten bei Allelfrequenzen (AFs) von 0 % bis 5 % simulieren. NGS-Libraries wurden mit dem KAPA HyperPrep Kit und dem KAPA HyperCap cfDNA Workflow v1.1 oder mit dem KAPA HyperPlus Kit und dem KAPA HyperCap Workflow v3.4 erstellt. Die Libraries wurden durch Hybridisierung an das KAPA HyperCap DS NHL Panel angereichert. Das Sequencing erfolgte auf einem Illumina® NextSeq™ 500/550 System gemäss Standardprotokollen. Die Datenanalyse wurde mit Open-Source-Bioinformatik-Tools durchgeführt.² Die KAPA HyperCap DS NHL Panel-Sequencing-Metriken erfüllten die Erwartungen für einen 8-Proben-Run auf einer Illumina® NextSeq™ 500/550 Flow Cell mit durchschnittlich > 88 Mio. Reads pro Probe. Nach Deduplikation mit eindeutigen molekularen Identifikatoren (UMI) betrug die mediane Read-Zahl für Complete Mutation Mix (Seraseq®) Libraries 44 Mio., verglichen mit 33 Mio. Reads für Pan-Cancer Reference Standard Libraries. Dies entsprach einer medianen Abdeckung.

KAPA HyperCap Oncology Panel

• Erschliesst das Potenzial anspruchsvoller Proben mit dem umfassend optimierten KAPA HyperCap FFPET DNA Workflow und der hohen Genauigkeit des KAPA Universal UMI Adapters
• Optimiertes, zielgerichtetes Sequencing mit dem Roche HyperCap Evolved Workflow – unterstützt durch die KAPA EvoPrep Boost oder KAPA EvoPlus Boost Kits

KAPA HyperCap Heredity Panel

• Erschliessen Sie Effizienzpotenziale entlang des gesamten Probenvorbereitungsprozesses mit dem optimierten und automatisierungsfreundlichen KAPA HyperCap Workflow – unterstützt durch die KAPA EvoPrep Boost oder KAPA EvoPlus Boost Kits.

KAPA HyperCap Oncology Panel

Erfasst 13 Gene, die stark mit der somatischen Onkologie assoziiert sind, sowie zusätzliche Hotspot-Varianten, die üblicherweise in kommerziellen FFPET- und cfDNA-Kontrollen enthalten sind

KAPA HyperCap Heredity Panel

• Deckt mehr als 85 % der insgesamt in ClinVar gelisteten pathogenen und wahrscheinlich pathogenen Varianten mit einer Abdeckung von > 30× ab, basierend auf der gezielten Erfassung der sorgfältig ausgewählten 3332 Gene innerhalb eines 10-Mb-Capture-Targets mit hoher Sequencing-Effizienz
• Erzielt einen hohen Prozentsatz an Basen mit ≥ 30× Abdeckung für die ACMG-73-Gene sowie für die ENSEMBL- und RefSeq-Transkripte der 3332 vom KAPA HyperCap Heredity Panel erfassten Gene

Abbildung 5: Prozentsatz der Basen mit ≥ 30× Abdeckung in zentralen genomischen Datenbanken unter Verwendung des KAPA HyperCap Heredity Panels

Zwölffaches Pre-Capture-Multiplexing mit dem Standard KAPA HyperCap Workflow v3 und dem KAPA HyperPrep Kit aus 100 ng gDNA (96 Replikate, NA12878) Die finalen Libraries wurden auf einem NovaSeq™ 6000 System sequenziert und vor der Analyse auf 10 Mio. hochwertige, gefilterte Cluster (2 × 100 bp) reduziert.