KAPA HyperExome V2 Probes and Kits

Liefern Sie hochwertigere Ergebnisse, indem Sie mehr Regionen aus den wichtigsten Genomdatenbanken abdecken

Abbildung 1. Umfassendere Abdeckung von Genomdatenbanken durch das KAPA HyperExome V2 Sonden-Design im Vergleich zu den Designs anderer Anbieter über relevante Genomdatenbanken hinweg (mit einer um bis zu 17 % höheren Abdeckung).

Datenbankstand von Januar 2023; für den herstellerübergreifenden Vergleich wurde das unpadded (nicht-erweiterte) Capture-Target herangezogen.

• Gleichmässige Abdeckung selbst in Regionen mit extremem GC-Gehalt

• Minimieren Sie den GC-Bias und erzielen Sie eine gleichmässige Abdeckung von Regionen mit niedrigem sowie hohem GC-Gehalt. Dies wird durch ein optimiertes Design und eine gleichmässige Library Amplifikation mit den KAPA EvoPrep oder KAPA EvoPlus V2 Kits ermöglicht.

Abbildung 2: Hohe Gleichmässigkeit der normalisierten Capture-Abdeckung über das gesamte GC-Spektrum hinweg (selbst bei extremem GC-Gehalt).

Die Probenvorbereitungsprotokolle der Anbieter wurden mit 8-Plex-On/N-Hybridisierungen für Anbieter A (48 Datenpunkte aus 6 Replikat-Captures von 16 Coriell-DNA-Proben) und 8-Plex-On/N-Hybridisierungen für Anbieter T (72 Datenpunkte aus 16 Coriell- und 24 aus Blut extrahierten DNA-Proben) befolgt. Für KAPA HyperExome V2-Sonden wurde der KAPA HyperCap Evolved Workflow V5 befolgt. Insgesamt wurden 32 Libraries mit dem KAPA EvoPlus Boost-Kit ausgehend von 100 ng aus Blut extrahierter DNA hergestellt und durch 2 × 16-Plex-Captures für jeden Kit-Workflow hybridisiert. Die endgültigen Libraries wurden auf einem NovaSeq™ 6000-System bei 2 × 100 bp sequenziert und es wurden 60 Millionen hochwertige Reads pro Library und proportional zum Capture-Ziel für die Exome der anderen Anbieter analysiert.

• Decken Sie alles Wichtige ab – und erkennen Sie, was anderen entgeht

• Steigern Sie den Wert und die Zuverlässigkeit Ihrer Ergebnisse durch eine hervorragende Abdeckung der Datenbankregionen

• Beseitigen Sie „blinde“ Flecken und minimieren Sie unbekannte Bereiche

Abbildung 3: Prozentsatz der Basen, die in wichtigen Genomdatenbanken wie Ensembl, RefSeq und CCDS mindestens 30-fach abgedeckt sind (basierend auf einer Momentaufnahme vom Januar 2024).

KAPA HyperExome V2-Sonden bieten eine bessere Datenbankabdeckung als Anbieter I, A und T, die mehr Abdeckungslücken hinterlassen, was zu wiederholten Analysen oder zum Bedarf an Spike-in-Sonden führen kann. Die Probenvorbereitungsprotokolle der Anbieter wurden mit 4-Stunden-Single-Plex-Hybridisierungen für Anbieter I (3 Replikate, NA12878), 8-Plex-On/N-Hybridisierungen für Anbieter A (48 Datenpunkte aus 6 Replikat-Captures von 16 Coriell-DNA-Proben), 8-Plex-On/N-Hybridisierungen für Anbieter T (72 Datenpunkte aus 16 Coriell- und 24 aus Blut extrahierten DNA-Proben) befolgt. Für KAPA HyperExome V2-Sonden wurde der KAPA HyperCap Evolved Workflow V5 befolgt. Insgesamt wurden 40 Libraries mit dem KAPA EvoPrep Boost-Kit und 40 Libraries mit dem KAPA EvoPlus Boost-Kit hergestellt, ausgehend von 100 ng aus Blut extrahierter DNA (in 2 × 16-Plex-Hybridisierungen) und 100 ng NA12878-DNA-Proben (in 4 × 1-Plex-Hybridisierung und 4 Replikaten aus einer 8-Plex-Hybridisierung). Mit KAPA HyperExome V2-Sonden angereicherte Libraries wurden auf einem NovaSeq™ 6000-System mit 2 × 100 bp sequenziert und 60 Millionen hochwertige Reads pro Library analysiert. Von Anbietern angereicherte Libraries wurden proportional zu ihrer Capture-Target-Grösse sequenziert.¹

• Hohe Sequencing-Effizienz der KAPA HyperExome V2-Sonden mit dem AVENIO Edge System

• Reproduzierbare Performance mit Reagenzien auf Basis der KAPA-Technologie

• Optimierte Exom-Sequencing-Lösung mit echter Walk-away Automatisierung mit dem AVENIO Edge System

Abbildung 4: Hohe Sequencing-Effizienz der KAPA HyperExome V2 Sonden bei Verwendung auf dem AVENIO Edge-System, konsistente Performance in einem E2E-Workflow mit entweder SinglePlex- oder 16-Plex-Erfassungen, mit robuster Kombination aus hoher Spezifität (> 76 % Zielregionen zugeordneter Reads) und hoher Uniformität (mit 1,5 Fold 80). Dies ermöglicht eine hohe mittlere (> 70x) und breite 30x Abdeckung (> 94 %) über ein Exom hinweg, das bereits eine sehr kompetitive Abdeckung der wichtigsten genomischen Datenbanken aufweist.

Library Preparation und Target Enrichment mit Single-Plex (links, n = 23 verschiedene Coriell-DNAs) oder 16-Plex Pooling vor der Erfassung (rechts, HG001-Replikate, n = 16), aus 100 ng Inputmenge im KAPA EvoPlus V2 Auto Kit) – 60 Millionen hochwertige Reads, 2 x 150 bp, analysiert mit einem NovaSeq™ 6000-System.